Seit 1960: Stiftung Sammlung E.G. Bührle, Zürich
 
Das Museum der Stiftung 1960–2016
Am 24. Februar 1960 gründeten die Witwe sowie Sohn und Tochter von Emil Bührle, Charlotte Bührle-Schalk, Dr. Dieter Bührle und Hortense Anda-Bührle die Stiftung Sammlung E.G. Bührle mit Sitz in Zürich. Sie übergaben der Stiftung aus dem Gesamtbestand der Sammlung 167 Gemälde und Pastelle und 31 Skulpturen aufgrund einer Teilung, die der Emil Bührle besonders nahestehende Kunsthändler Arthur Kauffmann, London, erarbeitet hatte. Die Teilung stellte sicher, dass die vom Sammler angestrebte Struktur und Vollständigkeit in der Stiftung sichtbar blieben. 20 Gemälde und 7 Skulpturen wurden der Stiftung ausserdem zum Verkauf überlassen.

Die Sammlung der Stiftung wurde in einem ehemaligen Wohnhaus an der Zollikerstrasse 172 eingerichtet. Es war dem Haus Emil Bührles benachbart, und Bührle hatte das erste Stockwerk seit langem zur Lagerung seiner Bilder und Skulpturen benutzt. Die Villa aus dem Jahr 1886 wurde als Ganzes zum Museum umgebaut und ab April 1960 der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Die Kosten für Betrieb und Unterhalt des Museums trugen die Stifter.

1961 fand eine Ausstellung mit 78 Meisterwerken der Sammlung Emil Bührle in der Royal Scottish Academy in Edinburg und in der National Gallery in London statt. Eine kleinere Ausstellung folgte 1963 im Kunstmuseum Luzern und zeigte erneut Bilder sowohl aus dem Bestand der Stiftung und wie auch aus dem an die Familie gefallenen Teil der Sammlung. 1973 erschien in dem der Stifterfamilie gehörenden Artemis-Verlag ein wissenschaftlicher Gesamtkatalog der Stiftungs-Sammlung (2. Auflage 1986). 1976 wurde das Museum der Stiftung umfassend renoviert.

1980 übernahm Hortense Anda-Bührle das Präsidium der Stiftung. Sie veranlasste zum 100. Geburtstag ihres Vaters eine Tournee der Sammlung mit bedeutenden Bildern aus der Stiftung und aus Privatbesitz, die 1990–91 in der National Gallery of Art in Washington, im Musée des Beaux-Arts in Montreal, im Yokohama Museum of Art und in der Royal Academy of Arts in London gezeigt wurden.

Zwischen 1999 und 2002 war der Enkel des Sammlers, Dr. Christian Bührle, verantwortlich für eine Reihe von Kabinett-Ausstellungen in den Räumen der Stiftung, in deren Mittelpunkt Bilder der Sammlung standen: Sisley und die Brücke von Hampton Court; Messaline und Toulouse-Lautrec aus Schweizer Sammlungen; Der Blaue Reiter.

2002 wurde Dr. Lukas Gloor als Direktor und Kurator mit der Leitung der Stiftung betraut. Im Verlag Linea d'Ombra erschien 2004–05 ein von ihm herausgegebener dreibändiger Gesamtkatalog der Sammlung. Ausserdem wurde die Tradition der kleinen Ausstellungen fortgesetzt (Van Gogh echt falsch; Mme Cézanne aus der Sammlung Gertrude Stein) und die Zahl der Besucher bis auf 12'000 jährlich gesteigert.

Am 10. Februar 2008 wurde das Museum der Stiftung Opfer eines bewaffneten Raubüberfalls. Vier Hauptwerke der Sammlung von Cézanne, Degas, van Gogh und Monet wurden entwendet. Die Bilder von van Gogh und Monet wurden wenig später wiedergefunden, die beiden anderen wurden bei einer grossangelegten Polizeiaktion im April 2012 in Belgrad fast unbeschädigt sichergestellt.

2014 übernahm Dr. Christian Bührle das Präsidium der Stiftung. Am 31. Mai 2015 schloss die Stiftung das Museum im Haus Zollikerstrasse 172, da es sich als unmöglich erwies, das Haus mit der nötigen Sicherheit für reguläre Öffnungszeiten auszurüsten.

2016 konnte die Stiftung 10 bedeutende Bilder aus der Sammlung Emil Bührles als Vermächtnis von dessen Sohn, Dr. Dieter Bührle, entgegennehmen.